提到连锁经营企业，首先映入人们脑海中的一般都是诸如麦当劳，肯德基之类的大型跨国连锁企业，其实连锁经营企业目前在国内外都得到很大的发展。
    在连锁经营企业的实际经营过程中，“母公司”一般都已经在其经营领域形成了一整套其特有的运营理念、运营流程。那么，它在接受加盟商的加盟要求，或者自己在其它地区创办连锁经营企业时，一般也会把其已经形成的，在实践工作已经被证明是合理的，或者是有效的那一套运营方法完全灌输到新连锁企业去。而这些所涉及到的运营理念、运营流程一般都是这个企业在长期的发展中花费了一定的时间、金钱才获得的。而每个企业在这方面的经验总结都不会完全相同，所以这些方面其实都可以看作企业自己的创新，或者说可以看作是这个企业所拥有的知识产权。那就有必要对连锁企业这方面的知识产权予以保护。
    如果一个企业在实际经营中花费一定的代价才形成了一整套自己所特有的运营流程，却无法得到法律的保护，那就意味着任何一家其它的企业都可以不花费任何代价就剽窃其运营流程或者说剽窃其知识产权，那就意味着这家企业花费了成本所获得的收益却不得不被多家企业所共享。这就形成了经济学理论上所说的外部效应。那么就会导致不会有任何一家企业有动力去进行创新，去促进自身及其所在行业的发展。所有企业都会只想等待其它企业进行创新，自己再对其进行模仿，从中获得一定的收益。这只会导致整个行业的僵化、呆板，从而引起整个行业的停滞不前。这对企业及国家的产业发展都形成了一定的负面影响。因此要求国家必须以法律形式对企业进行一定的知识产权保护，以保护企业进行创新的积极性，从而促进企业的自身发展与整个行业的全面进步。
    在连锁经营企业的实际运作中，一个母公司一般都是以收取一定加盟金的形式转让其运营流程的，或者说转让其知识产权的使用权。所收取的加盟金从一定程度上说就是加盟商对于使用“母公司”的运营流程的补偿或者说是对“母公司”在进行创新所花费的投入方面所进行的补偿。而所涉及到的这一经营流程，固然有一些经营理念上的东西，更多的是原材料的采购途径，生产的技术工艺，产品的销售渠道等方面的内容，那其实就可以把其简单的视为一套专利性生产工艺。把一个连锁企业的运营方式视为一种专利的话，那么世贸组织关于知识产权方面的协定中对于专利的一些保护规定对于连锁企业经营者都会有一定的保护作用。世贸组织协定规定：专利人（连锁企业的母公司）享有其专利（运营方式）的独占权。当这种专利为一套工艺时，那么第三方在没有得到专利人的同意时，不得使用该工艺。同时，在没有得到专利人的同意时，第三方同样不能销售或进口直接由一项专利工艺生产的产品。这样，以上的规定就构成了对一家连锁经营的母公司的创新成果的保护。任何一家连锁经营企业都可以运用这些法规来保护其自有利益。
    其实，连锁企业在吸收加盟商时，所收取的加盟费，除了一些是给予加盟商用于经营的固定资产投资及对其创造运营流程的成本花费的补偿，还有很大一部分其实是对于加盟商使用自己的商标的补偿。对于一些大型的跨国或者跨地区的连锁经营企业来说，其最大的财富是其在长期经营中已经形成了一个驰名（Well-known）商标，具有了良好的商誉，那么对于业内的其它企业来说，如果能够加盟的话，必然可以借助其商誉吸引更多的顾客，扩大自己的市场影响，从而增加自己的销售量。既然能够从使用连锁经营企业的商标中获得一定的收益，那么显然也就有必要对于使用“母公司”的商标付出一定的代价了。而知识产权协定中对于商标所作出的保护，也是为了一方面鼓励企业为维护企业商誉，维护其企业形象，而不断提升其产品与服务的质量，另一方面也鼓励消费者购买驰名商标的商品与服务，从而又能加深企业对商标、企业形象与企业利益的重要性方面的认识。
    知识产权协定中也规定了注册商标所有人拥有禁止第三者使用与其注册商标相同或者类似的产品标识的独占权，以免引起混淆与混乱。但是企业也拥有商标的许可应用与转让条件的自由决定权。但是不得强迫商标所有人实施应用许可或者转让这一商标和联同该商标所属的商业。这样一个连锁企业只要事先向国家注册商标管理局申报了注册商标，其对于此商标的权力就受到国家法律的保护，那么，其在知识产权方面的合法权益也是能够得到保护的。
在现实运营中，一个连锁经营的“母公司”在选择加盟商时，所收取的加盟金从一定程度上就是反映了知识产权保护法律条文对于该公司的保护。一个加盟商选择加入一家连锁经营企业时，“母公司”会把其特有的经营流程（包括原材料采购、商品生产、销售等）一整套经营方式全部移植过去，并允许新公司使用其所拥有的商标，甚至提供其特有的生产设备。而以上的这些方面都可以看作这家企业所拥有的知识产权。也就应该受到国家知识产权保护的有关法律条文的保护。那么，加盟者要想获得这一些资源，就必须付出一定的代价，这就反映为支付一定的加盟金。
    随着我国市场经济的进一步发展，连锁经营这种高效的运营方式也逐渐得到众多商家的青睐而普及起来。国家知识产权保护的有关法律条例，对于运营连锁经营的企业则可以起到有效的保护作用，从而促进连锁经营的进一步发展。